Die Gründung von Hengersberg geht auf das Jahr 997 zurück und erfolgte durch Abt Gotthard von Niederalteich (geb. in Reichersdorf bei Hengersberg), dem späteren Bischof von Hildesheim und ersten Heiligen Altbayerns. In einer Lebensbeschreibung des Hildesheimer Domklerikers Wolfher heißt es, daß er bei der Besiedlung des "Helmgeresberg" selbst Hand angelegt und Hölzer, Steine und Erde herbeitrug und so auf rühmenswerte Weise den Berg vergrößerte. Dann ließ er auf diesen Berg eine Burg von schöner Größe und großer Schönheit errichten und in ihr eine Rundkapelle zu Ehren der heiligen Maria bauen und auf jede Weise ausschmücken.
Diese neue Ansiedlung hat sich dermaßen gut und schnell entwickelt, daß Gotthard von seinem Freund und Gönner, König Heinrich II., das Markt- und Zollrecht erbitten konnte, welche dieser mit Urkunde vom 7. Juni 1009 erteilte. Dieses Privilegium bestätigte König Heinrich III. Im Jahre 1049. Im Jahr 1430 gewährte Herzog Heinrich der Reiche den Bürgern von Hengersberg das Recht, auf Magdalena und Martini Jahrmärkte zu halten. Nach und nach erhielt der Ort noch sechs Jahrmärkte, die zugleich auch Viehmärkte waren. Gerade die Viehmärkte hatten eine überregionale Bedeutung. Manchmal wurden über 1.000 Stück Großvieh aufgetrieben, die Fieranten und Händler kamen aus ganz Niederbayern und auch aus der Oberpfalz. Leider haben sich die Viehmärkte ganz aufgelöst.
Die Entstehung des Ortsnamens dürfte auf den ersten Siedeler, einem gewissen "Helmger (=Helmträger) zurückzuführen sein, der im Auftrag des Klosters auf dem Rohrberg (=Berg über dem Röhricht) einen Hof angelegt hat.
Helmgeresberg heißt also Berg des Helmger. Abt. Hermann von Niederalteich (1242-1273), der wegen der buchstabengetreuen Wiedergabe von Ortsnamen bekannt ist, schreibt schon Helmgersberg. Der heutige Name Hengersberg erscheint erstmals in der Urkunde Kaiser Ludwigs des Bayers vom 03.02.1340. Damit hatte sich die Sprachweise des Volkes durchgesetzt.
Um die Mitte des 11. Jahrhunderts erlangten die Grafen von Bogen die Schutzvogtei über das Kloster Niederalteich. Einer ihrer bedeutendsten Lehensmänner war ein Ritter Altmann von Hengersberg. Als die Grafen von Bogen 1242 ausstarben und ihre Güter (darunter auch die Vogtei) auf die Wittelsbacher übergingen, gelangte der Markt unter die bayerische Landesherrschaft.
Die folgenden Jahrhunderte brachten nicht nur einen wirtschaftlichen Aufschwung für den Markt Hengersberg, auch viele Katastrophen begleiteten seine Entwicklung, wie die Leiden des 30jährigen Krieges oder die Belagerung während des österreichischen Erbfolgekrieges um 1742.
Obwohl der Markt stets im Eigentum des Klosters Niederalteich stand und bis 1803 auch unter der Gerichtsbarkeit des Klosters verblieb, wurde in Hengersberg ein Landgericht errichtet (1255 erstmals erwähnt). Diese Landgerichte des alten Stils wurden 1803 aufgelöst. 1838 erfolgte eine Neuordnung der Gerichtsbezirke. Im Vollzug des Reichsverfassungsgesetzes von 1879 wurde dieses Landgericht in ein Amtsgericht umgewandelt, welches dann zum 31.12.1969 mit der Gerichtsreform ganz aufgelöst wurde.
Im Jahre 1813, erhielt der Markt das Recht, ein eigenes Wappen zu führen, nachdem bis dahin immer das Wappen des jeweiligen Abtes des Klosters Niederalteich zu führen war.
1997 feierte der Markt sein 1000jähriges Gründungsfest mit zahlreichen Veranstaltungen.
